自然地理与资源环境研究部主要开展具有华南热带亚热带地域特色的自然地理和资源环境科学观测、研究和应用。研究部现有科研人员26人，其中具有高级职称10人，博士学位21人，专业涵盖自然地理、地质灾害、环境地质、水文水资源、土壤侵蚀、水土保持、生态系统、恢复生态、大数据等领域。
    近年来，研究部全力组建“环境地质与生态规划研究团队”、“全球变化与生态系统响应研究团队”、“生态系统观测与修复研究团队”、“水安全与水循环研究团队”，分别以黄光庆研究员、周平研究员、杨龙研究员、赵玲玲副研究员为团队带头人，引进芬兰科学院院士马尔库·库马拉（Markku Kulmala）为学术顾问，在“南岭森林生态系统野外科学观测研究站”、“粤港澳大湾区城市群生态系统观测研究站”和“广东省地质灾害应急技术研究中心”等多个平台支撑下，重点开展区域环境演变的过程和机理、全球变化和生态系统响应、水文和水资源变化规律、自然灾害和预警、生态恢复和生态安全格局等领域的基础和应用基础研究。研究部立足广东经济社会发展根本需求，围绕华南热带亚热带自然地理和资源环境领域的重大科技问题，不断提升自主创新能力和技术服务能力，努力建设具有国际影响力、国内一流的研究团队。
    近5年来，自然地理与资源环境研究部获批的国家、省（部）级科研项目近50项，其中国家自然科学基金10余项，承担省科技厅、自然资源厅、水利厅等政府部门项目30余项，在粤港澳大湾区建设、粤北生态特别保护区保护等一系列重大决策中发挥重要的科技支撑作用。在《Nature Communications》、《National Science Review》、《Land Degradation and Development》、《Journal of Geographical Sciences》、《Restoration Ecology》、《热带地理》、《地理学报》、《生态学报》等刊物发表论文80多篇，主编2部专著，申请专利19项，授权专利6项，开发自主知识产权的软件24套。获得广东省科技进步二等奖、三等奖等奖励多项。